Kanser bir matematik problemi

GOKHAN CAKIROGLU (6)KANSERİN ÇARESİ DİZİ MATEMATİĞİNDE GİZLİ BİR ŞİFRE OLABİLİR Mİ? PEKİ BU ŞİFREYİ KİM KIRABİLİR?

https://twitter.com/_mitokondri

Beylikdüzü Medicana Hastanesi Patoloji Şefi Doç. Dr. Gökhan Çakıroğlu’nun iddiası tıp dünyasını allak bullak edecek türden: “Kanser araştırmalarına matematikçiler dahil olmadığı sürece bu hastalık çözülemez!” Peki ama matematik ile kanserin ne alakası var? Gerçekten ünlü fizikçi Feynman’ın dediği gibi, tıbbın fizikten daha yavaş ilerlemesinin sebebi matematiği daha az kullanması mı? Tüm bunları, dizi matematiği üzerine yaptığı çalışmalarla, kanserin şifresini kırmayı hedefleyen Dr. Çakıroğlu ile konuştuk.

Kanserin matematikle nasıl bir ilgisi olabilir?

-Matematik kainatta her yerde var. Her yapıda bir altın oran var. Vücudumuzda bir proteinin bir diğer proteini nasıl tanıdığını tam olarak bilemiyoruz. Neden bir proteinin mideye, diğerinin bağırsağa gittiğini, kanser hücrelerini öldüren lenfositlerin neye göre yön tayini yaptıklarını tam çözebilmiş değiliz. Bize tıp fakültesinde anahtar-kilit benzetmesiyle anlatıyorlardı bunu. Artık böyle olmadığını biliyoruz. Burada bir dizi matematiği var. Posta kodu gibi bir kod alarak ilerliyorlar. Bunun şifresi kırıldığında sadece kanserin değil, belli bir dereceye kadar yaşlılığın da çözümü bulunmuş olacak. Bağışıklık sistemi dediğimiz şey, büyük ölçüde vücudumuzdaki beyaz kan hücrelerinin ürettiği alfabetik dizilerdir.

“Matematikçiler dahil olmazsa kanser çözülemez”

Şifre kırmaktan söz ediyorsunuz. Bunu tıpçılar yapabilir mi?

-Hayır, kanser araştırmalarına matematikçiler de girmediği sürece bu sorun çözülemez. Tıpta bugün en büyük problem, herkesin uzmanlaşmış olduğu dar bir alana bakması. Tepeden bakıp da analiz yapacak birileri yok. Nobel ödüllü Amerikalı fizikçi Feynman’ın tıpçılara söylediği söz çok önemlidir: “Sizlerin bu kadar yavaş ilerlemenizin nedeni ne biliyor musunuz? Matematikten bizim yararlandığımız kadar yararlanmıyorsunuz” demiştir.

Dünyada bu konuda araştırma girişimleri yok mu?

-Human Genom Projesi sonunda insanın DNA dizisi ortaya çıkarılınca, bilim dünyası her şeyi çözdüğünü sandı. Protein adı verdiğimiz diziler de esasında hücre çekirdeğindeki DNA dizisinin kopyasıdır. 2001 yılından sonra bu dizileri çözmek için bioinformatik diye bir bilim dalı çıktı. Buna biyolojik iletişim bilimi de diyebiliriz. ABD’de ilaç firmaları artık en yüksek ücretleri bioinformatikçilere veriyor. Ülkemizde de Koç Üniversitesi’nde bu alanda çok önemli bir merkez var.

shutterstock_118048909Şifre dizi matematiğinde

İnsan DNA dizisi ortaya çıkarılalı yıllar oldu. Niye ciddi bir ilerleme göremiyoruz?

-Projeyi yürütenler tüm dizileri önce gizlediler. Sonra baktılar ki içinden çıkılacak gibi değil, yakın bir zaman önce hepsini internette yayınladılar. İsteyen baksın ve şifreleri çözebileceklerse çözsünler diye. Ancak bu dizilerden bir anlam çıkarmak için matematikçiler gerek. Hatta üç boyutlu protein yapılarının nasıl iletişim hatası yapıp da hücre bozulmalarına sebebiyet verdiklerini anlamak için de grafikerler gerekiyor. Elimizde şablon var ama okuyamıyoruz. İngilizce bilmeyen birinin İngilizce bir kitaba bakması gibi öylece bakıyor tıpçılar şu an. Bu dizilerin matematiksel bir modellenmesinin yapılması ve hangi dizinin hangi dizi ile ilişki içinde olabileceğini önceden söyleyebilmek, bu işin en can alıcı noktası olacaktır. İşte bu manada dizi matematiği çok önemli. Bu yüzden benim son yıllardaki ilgi alanım tamamen “ protein etkileşimleri ve matematik modelleme” konusu üzerine yoğunlaşmak oldu. Diziler üzerine çalışıyorum.

Kanseri matematik olarak tanımlayabilir misiniz?

-Elimizde 20 tane aminoasit var toplam. Tüm proteinler bu 20 tanesinin kombinasyonundan oluşturuluyor bedenimizde. Mesela hücre bölünmesinden sorumlu çok kritik bir göreve sahip olan ras diye bir protein yapısı var. Bu, 189 harften oluşan bir mesaj. 12. harfi değiştiği zaman hücre kanser oluyor. Yanlış bir bölünme mesajı veriyor hücreye.

Bu bilgiler ışığında şimdiye kadar kanserle ilgili önemli bir gelişme olmadı mı?

-Tabii ki oldu. Meme kanseri artık sadece kemoterapi ile tedavi edilmiyor. Temelde kanser yapan bir diziye karşı geliştirilen bir antikor (yani başka bir beyaz kan hücre dizisi), Herceptin adı altında, meme kanserine karşı başarıyla kullanılıyor. Geçen seneki Amerikan Onkoloji Derneği başkanı Prof. George Sledge, Herceptin ile ilgili “Meslek hayatım boyunca böyle umut verici sonuçlar ile karşılaşmadım” demişti. Yine aynı şekilde bazı lenfoma türlerinde de benzer şekilde üretilmiş bir ilaç kullanılıyor.

Biraz da ABD’deki çalışmalarınızdan söz eder misiniz?

-Ben ABD’de Memorial Sloan Kettering Kanser Araştırma Merkezi’nde, kan kanseri üzerine hücresel iletişim hatları üzerine çalıştım. Beyaz kan hücrelerinin dizilerini değiştirerek istenen organa yönlendirdiğimiz bir çalışmada yer aldım. Proteinin sonuna belli alfabetik bir dizi takınca mektubun posta kodu gibi hücre içinde belli lokasyonlara gittiğini ispatlamıştık.

Reklamlar

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Google+ fotoğrafı

Google+ hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Connecting to %s